PHPエラーの取得警告：fputcsv（）はパラメーター2が配列であることを期待しています

配列を指定する必要があるので、このようにしてみてください

$sql = "SELECT user_id FROM tbl_users";
$users_profile_user_id = mysqli_query($con, $sql);

$fp = fopen("user_profile_id.csv", "w");

while ($row = mysqli_fetch_assoc($users_profile_user_id)) {
    fputcsv($fp, $row);
}

fclose($fp);