距離を計算するためのクエリがPostgresDBをスタックしました

パフォーマンスのために、これらのインデックスを追加する必要があります

    create index idx1 on dots (site_id, dist_from_site,  geom);

    create index idx2 on sites (site_id, geom);

2回目の更新では、このインデックスも追加してみてください

 create index idx3 on dots ( geom, latitude, longitude);