PHPを適切に使用してMySQLオブジェクトをJSONにエンコードするにはどうすればよいですか？

$data = array();

while ( $row = $result->fetch_assoc() ){
    $data[] = json_encode($row);
}
echo json_encode( $data );

これでうまくいくはずです。また、http://jsonlint.com/ を使用することもできます。 JSON出力の問題を確認します。

更新： fetch_all()を使用する 良いアイデアかもしれません

$data = $result->fetch_all( MYSQLI_ASSOC );
echo json_encode( $data );