簡単です。groupbybookidを使用して、結果を1冊あたり1行に制限します。group_concatを使用して、CSVリスト内のすべてのカテゴリを引き続き表示できます。
SELECT book.bookid, book.author, book.title, group_concat(category.categorydesc)
FROM book
JOIN bookscategories ON book.bookid = bookscategories.bookid
JOIN category ON bookscategories.categoryid = category.categoryid
GROUP BY book.book_id
参照: http:// dev .mysql.com / doc / refman / 5.0 / en / group-by-functions.html#function_group-concat