マングースは配列内の要素を検索します

その構造は「多次元」配列ではないため、用語は正しくありません。これらには「配列内の配列」、つまり「次元」があるためです。これは、配列内の単なる「オブジェクト」です。

したがって、ここでの問題は、引数が間違った方向にあるという基本的なケースです。 $inは必要ありません 配列を検索するだけでなく、フィールドに適用するには引数の「リスト/配列」が必要です。

つまり、フィールドを検索し、"ドット表記" ：

.find({ "subRegions.code": regionCode }).exec(...);