問題は、「スコープ」を「フィールド」として渡していることです。
これは機能します:
db.variant_daily_collection.map_reduce(m, r, out="myoutput", query={"site_name": {'$in':['julie2.com','julie3.com','radiotiempo.com']}, 'timestamp': {'$gte':'20110601','$lte':'20110809'}}, scope={'variant_ids': ['4519','4518']})
ここで、mは上からのマップ関数、rは上のreduce関数です。テストのためにサンプルドキュメントを3回挿入しました。